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二、?對片段進行注釋
1.給編碼序列命名：
點擊其中一個箭頭，按Feature→Add?Translated?Feature，彈出以下窗口：
Feature：給該片段命名。
Type：選擇該片段的類型，右側箭頭代表閱讀方向。
Color：選擇顏色。
2.?給非編碼序列命名：如多克隆位點。先找到質粒圖譜中的多克隆位點的第一個酶切位點和最后一個酶切位點。點擊左側sequence，找到兩個酶切位點之間的序列。
3.?給質粒圖譜增加引物序列：按Edit→Find，輸入引物序列，找到質粒序列對應位置，點擊Primers→Addprimer，彈出該界面：
按上下游引物選擇TopStrand還是BottomStrand，在Primer處可給該引物命名，隨后即可顯示該引物在圖譜Map中的位置。
三、?創建新DNA文件?
1.?打開SnapGene，點擊New?DNA?File，彈出以下窗口：
在Create?the?following?sequence窗口下輸入DNA序列，并對該文件命名，點擊OK。或是點擊Import?from?Genebank，輸入NCBI中某序列的access?number，點擊OK。
2．此時彈出如下窗口：
3.對該序列進行注釋：點擊Features→Add?Feature，對該序列進行命名注釋。
△創建質粒圖譜文件方法相同。
四、處理序列翻譯信息
1.創建一個DNA序列文件，點擊
2.顯示如下箭頭：
黃色箭頭代表的是上面一條鏈編碼序列，綠色箭頭代表的是下面一條鏈編碼序列。
3.點擊Sequence，點擊
右側箭頭，選擇All?6?Frames，可得到編碼序列的所有情況，其中代表的是終止密碼子。
4.添加內含子：根據內含子的位置，點擊Edit→Select?Range，輸入內含子堿基位置。點擊Features→Delete?Feature?Segment，得到如下圖：
紫色粗帶為外顯子，虛線為內含子部分。
五、引物、PCR和突變繪制
1.PCR引物繪制：在多克隆位點處找到合適的兩個酶切位點。如BamHI和XbaI，在目的基因兩側截取15-30bp序列，點擊Primers→Addprimers，選擇top?strand或bottom?strand，如圖：
給該引物命名，然后點擊Insertion，在該引物上添加之前選擇好的酶切位點序列，如圖選擇了BamHI，點解Insert：
然后在該序列5端上添加數個堿基作為保護堿基。點擊完成。
△下游引物設計相同，不再贅述。
2.突變引物繪制：在目的基因上截取一小段包含要突變位點的序列，點擊Primers→Add?primers，為該引物命名，在5’序列突變位點的三個堿基畫黑，如圖：
點擊Insertions，選擇突變成的氨基酸，點擊Insert。即可獲得該突變引物，點擊Reverse?Complement，可獲得反向引物。
六、模擬標準限制性克隆
1.打開被插入片段的質粒圖譜，選擇合適的兩個酶切位點，如HindIII和ApaI，如圖：
點擊Actions→Insert?Fragment，點擊HindIII+鍵盤Shift鍵+Apa，點擊Insert，在source?of?fragment處選擇插入的目的片段來源。點擊上述同樣的酶，給該重組質粒命名，點擊clone。
七、?模擬融合克隆
1.?打開一個需要插入片段質粒圖譜，點擊Actions→Insert?One?Fragments，彈出以下窗口：
2.?點擊sequence，找到想要發生替換的位點。
3.?點擊Fragment，在Source?of?Fragment處選擇替換片段的另外一個質粒圖譜。此時彈出另外一個質粒圖譜圖樣。
4.?點擊用于替換的片段，觀察該片段閱讀方向與被替換質粒位點的方向是否一致，如不一致，點擊更換方向。
5.?選擇后，點擊Product，點擊Choose?Overlapping?PCR?Primers，此時即形成融合后的質粒圖譜。
6.若想獲得引物的序列，點擊Primers→Export?Selected?Primers，選擇保存。
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